Wraz z wejściem w życie ustawy z dnia 3 października 2008 r. o udostępnieniu informacji o środowisku i jego ochronie, udziale społeczeństwa w ochronie środowiska oraz o ocenach oddziaływania na środowisko, nowym organem odpowiedzialnym za monitorowanie obszarów Natura 2000 stał się właściwy miejscowo regionalny dyrektor ochrony środowiska. Powołany organ, zgodnie z kompetencjami, jest właściwy do wydawania zaświadczenia w ww. zakresie, którego wzór stanowi załącznik Ib do Wytycznych Ministra Rozwoju Regionalnego z dnia 3 czerwca br. w zakresie postępowania w sprawie oceny oddziaływania na środowisko dla przedsięwzięć współfinansowanych z krajowych lub regionalnych programów operacyjnych.
Zaświadczenia wydane na podstawie wniosków złożonych przez beneficjentów przed dniem wejścia w życia powołanej ustawy zachowują moc.

Wytyczne w zakresie postępowania w sprawie oceny oddziaływania na środowisko dla przedsięwzięć współfinansowanych z krajowego lub regionalnych programów operacyjnych dosępne są tutaj