W dniu 30 października 2007 r. Minister Rozwoju Regionalnego wydał zarządzenie w sprawie powołania Komitetu Monitorującego Program Operacyjny Innowacyjna Gospodarka. Zgodnie z przepisami wspólnotowymi Komitet ma zapewnić skuteczność i zagwarantować wysoką jakość realizacji Programu. Na początku Komitet Monitorujący zajmie się przyjęciem kryteriów wyboru projektów w ramach Programu.